A Tudományos Intézet az MH HEK parancsnok (MH egészségügyi főnök) közvetlen alárendeltségébe tartozik. A Tudományos Intézetet az intézetvezető főorvos (MH főszakorvos) irányítja

A Tudományos Intézet szervezeti egységei:

Kórélettani Kutató Osztály
Toxikológiai Kutató Osztály
Sugárbiológiai Kutató Osztály
Tudományos Könyvtár

Feladatai:

A vegyi-biológiai-radiológiai és nukleáris (CBRN) fegyverekhez, illetve az egészségügyi CBRN védelemhez kapcsolódó orvos-biológiai alap- és alkalmazott kutatások végzése, a szakismeretek alkalmazása és bővítése, az alkalmazott vizsgálati módszerek továbbfejlesztése, valamint kutatási-fejlesztési feladatok végzése.

Fontosabb kutatási területek:

a katonai tevékenységgel kapcsolatos fizikai és pszichikai megterhelés (környezeti behatások, extrém terhelés), a szöveti sérülések kórfolyamatainak, valamint a szervezet általános és specifikus ellenálló-képességének tanulmányozása
mikrobiológiai diagnosztikai rendszerek fejlesztése
biológiai fegyverként használható, ill. súlyos megbetegedést okozó biológiai ágensek elleni immunizálási lehetőségek kutatása, illetve kimutatására alkalmas metodikák tesztelése modell- rendszereken
alap- és alkalmazott kutatások (vegyi, toxikológiai ártalmak, kábítószer-szűrővizsgálatok, klinikai toxikológiai vizsgálatok) végzése, tudományos információk feldolgozása
mérgező harcanyagokkal (vegyi fegyverekkel) bekövetkezett mérgezések kialakulását és hatékonyságát befolyásoló tényezők vizsgálata, antidótum kutatás
kábítószerek és pszichotróp vegyületek fogyasztási szokásainak felmérése a Magyar Honvédség személyi állományának körében
alapfeladat az ionizáló sugárzás egészségkárosító hatásának és az ellene való védekezés gyógyszeres lehetőségeinek kísérletes tanulmányozása, a sugárvédő vegyületek tesztelése
a Tudományos könyvtár alapvető feladata az általános, valamint a katona- és katasztrófa-orvostan témakörébe tartozó minden fajta információ-hordozó anyag gyűjtése, és ezeket könyvtári szabványok szerint feldolgozva az olvasó rendelkezésére bocsátani
Egészségügyi szolgáltatások: a kutatásban alkalmazott módszerek felhasználása a klinikumban; speciális klinikai rutinvizsgálatok; kábítószer szűrővizsgálatok; analitikai laboratóriumi (nagyműszeres) szolgáltatások (klinikai toxikológiai, környezeti, élelmiszer toxikológiai vizsgálatok, munkaegészségügyi szűrések)

Áramlási citometriai laboratórium	Nagyműszeres (GC-MS) analitikai laboratórium