A Magyar Honvédség vezetése a mindenkori vezérkarfőnök joga és kötelessége. Gyakorolja törvényben rögzített hatáskörét, illetve végrehajtja az irányítására jogosultak utasításait. A Magyar Honvédség (MH) szakmai vezetését a Honvéd Vezérkar (HVK) és a Magyar Honvédség Összhaderőnemi Parancsnokság látja el. A HVK olyan felső szintű hadászati és összhaderőnemi tervező- és elvi kidolgozószervezet, amely koordinálja a fegyveres erők feladatait, javaslatokat dolgoz ki az MH katonai tevékenységének tervezésére, szervezésére és ellenőrzésére, valamint a harcképesség fejlesztésére.

A Magyar Honvédség fő feladata Magyarország szuverenitásának és területi épségének védelme és az Észak-atlanti Szerződés alapján hozzájárulás a Szövetség kollektív védelméhez. További feladata, hogy hozzájáruljon más, közösen vállalt szövetséges küldetésekhez, részt vegyen a nemzetközi szervezetek égisze alatt zajló béketámogató és humanitárius akciókban, valamint a súlyos ipari és természeti katasztrófák elhárításában. Magyarország vállalt kötelezettségeinek megfelelően, a közös védelem érdekében készen áll arra, hogy rendelkezésre bocsássa a szükséges katonai erőt és lehetőségei szerint hozzájáruljon a Szövetség egyéb misszióihoz. A biztonságpolitikai alapelveknek megfelelően a Magyar Honvédség arra is törekszik, hogy a két- és többoldalú katonai együttműködés útján erősítse a regionális biztonságot és stabilitást.

A Magyar Honvédség Szárazföldi Parancsnokság, a Magyar Honvédség Légierő Parancsnokság megszüntetésével, azok jogutódjaként, illetve a megszűnő Magyar Honvédség Összhaderőnemi Logisztikai és Támogató Parancsnokság, a Magyar Honvédség Híradó és Informatikai Parancsnokság, a Magyar Honvédség Művelet Irányító Központ és a Magyar Honvédség Egészségügyi Parancsnokság egyes feladatainak át vételével, 2007. január 1-jei hatállyal megalakult az MH Összhaderőnemi Parancsnokság.